Škoda Citigo byla od Euro NCAP prozkoumána a vozidlo je konstrukčně shodné s Volkswagen Up! Má stejné vybavení interiéru. Škoda Euro NCAP informovala, že Citigo má také stejnou bezpečnostní výbavu jako Up! V souladu s tím se Euro NCAP domnívá, že hodnocení u Up! může být aplikováno i na Škodu Citigo.
Dospělý cestující
Při čelním nárazu zůstal prostor pro cestující stabilní. Za ochranu figuríny spolujezdce byl udělen maximální počet bodů. Hodnoty zaznamenané figurínou naznačily dobrou ochranu kolen a stehenních kostí u řidiče i spolujezdce. Bylo předvedeno, že vozidlo poskytne podobnou úroveň ochrany různě velkým cestujícím a cestujícím sedícím v různých pozicích. Při bočním bariérovém testu byla většina těla ochráněna přijatelně. Ve více závažném testu bočního nárazu do sloupu, naznačilo stlačení hrudníku figuríny jeho průměrnou ochranu. Přední sedadla a opěrky hlavy poskytly v případě nárazu zezadu dobrou ochranu hyperextenze krku (zranění krční páteře).
Ochrana dětí
Na základě hodnot zaznamenaných figurínou v dynamickém testu získala ochrana tříleté figuríny maximální počet bodů. Při čelním testu nebyl dopředný pohyb tříleté figuríny nadměrný. Při bočním nárazu byly obě dětské figuríny dobře zadrženy bočnicemi jejich autosedaček, čímž minimalizovaly pravděpodobnost zranění hlavy. Airbag spolujezdce je možné vypnout, aby bylo možné na přední sedadlo umístit dětskou autosedačku instalovanou proti směru jízdy. Nicméně informace poskytované řidiči o stavu airbagu nejsou zcela zřetelné a systém nebyl od Euro NCAP odměněn. Na nebezpečí použití dětské sedačky orientované proti směru jízdy na sedadle spolujezdce bez předchozí deaktivace airbagu ve vozidle nezřetelně varoval výstražný štítek.
Ochrana chodců
Nárazník poskytl nohám chodce většinou dobrou ochranu. Nicméně přední hrana kapoty byla ve všech testovaných oblastech nevyhovující a nezískala žádné body. V těch oblastech, kam by pravděpodobně mohla dopadnout hlava dítěte, poskytla kapota nevyhovující ochranu. V těch oblastech, kam by pravděpodobně mohla dopadnout hlava dospělého, byla ochrana různá (některé oblasti poskytly ochranu dobrou a některé nevyhovující).
Aktivní bezpečnost
Elektronický stabilizační program (ESP) je součástí standardní výbavy ve většině evropských zemí, ale v některých je pouze dostupný jako doplněk. Škoda poskytla informace dokazující, že vozidlo splňuje požadavky Euro NCAP na výbavu pro rok 2011 a systém splnil všechny požadavky pro test. Signalizace nezapnutí bezpečnostních pásů je součástí standardní výbavy pro sedadla řidiče, spolujezdce a obě zadní sedadla. Omezovač rychlosti není pro Citigo nabízen.
